Гидрохимический институт Росгидромета основан в 1920 году в Новочеркасске, в 1977 году перебазирован в Ростов-на-Дону. В 1963 году институт вошел в систему Главного управления Гидрометеорологической службы при Совете Министров СССР (ныне Росгидромет), в 1992 году – кроме того, в состав РАН как институт, находящийся под ее научно-методическим руководством. Институт имеет статус федерального государственного бюджетного учреждения.
Гидрохимический институт является ведущим научно-исследовательским центром в нашей стране и единственным в мире институтом, специализированным в области гидрохимии природных вод суши.